2022-2023 sezonu başında Fenerbahçe'ye transfer olan, sonraki sezonun başında ise Brezilya ekibi Gremio'ya kiralanan Joao Pedro, sarı-lacivertli kulüple sözleşmesini feshetti. Kulüpten yapılan açıklamada, oyuncuyla karşılıklı anlaşmaya varıldığı belirtildi. İtalyan oyuncu 31 Temmuz 2024 itibarıyla kiralık sözleşmesi biterek Fenerbahçe'ye geri dönmüştü.
Pedro, 2022-2023 sezonunda Fenerbahçe formasıyla 20'si Süper Lig, 7'si UEFA Avrupa Ligi ve 1 de Ziraat Türkiye Kupası müsabakalarında forma giyerken, 5 gol, 1 asistlik performans sergiledi.